Es la entidad que históricamente se ha encargado de la organización de las Fiestas de San Marcos.
Aunque no hay referencias documentales que acrediten la fecha de su fundación, sabemos que tenía un carácter benéfico como acredita el cartel anunciador de un festival organizado en 1926 a beneficio de los pobres con motivo de la Festividad de San Marcos Evangelista, no volviendo a tener noticias de ella hasta 1955.
Por esas fechas, la modernización de las faenas agrícolas estaba poniendo en peligro la continuidad de las Fiestas de San Marcos por la desaparición del ganado vacuno de labor y, con él, las reses que los vecinos corrían en las Fiestas de San Marcos. Por ello, un grupo de vecinos se organizó con el fin de movilizar a la población y recaudar los fondos necesarios para adquirir reses en las ganaderías de bravo, constituyéndose la primera Junta Directiva —presidida por Miguel Jiménez Marín— de la Hermandad de San Marcos actual.
En sus inicios no tuvo reglas escritas, ni una estructura organizativa sólida, limitándose las actuaciones de la Junta Directiva a recoger los donativos que voluntariamente aportaban los vecinos, gestionar la compra de un corto número de reses y convocar, el Domingo de Resurrección de cada año, una reunión abierta a toda la población para dar las cuentas del San Marcos anterior y renovar los cargos directivos para el siguiente.
Sin embargo, a partir de 1971 las fiestas experimentan un paulatino crecimiento que hace más complejas las tareas organizativas y aumenta considerablemente las responsabilidades legales que adquiere la Junta Directiva — y especialmente el Presidente— como organizadora de las fiestas, haciéndose necesaria la introducción de cambios en el modelo organizativo. Por ello, en 1984, la Hermandad se constituyó legalmente como asociación, inscribiéndose en el Registro de Asociaciones de Andalucía y dotándose con unos estatutos que regulan su estructura y funcionamiento, siendo elegida su Junta Directiva por periodos de tres años.
Actualmente está formada por 3.200 socios (2020), divididos en tres categorías: Niños, Adultos y Jubilados. En 1992 adquirió una solar dentro del recinto donde se corren las reses — calle Palomares—para la construcción de su sede social. La sede fue inaugurada en 1996 y está formada por cuatro plantas destinadas a Chiqueros (sótano y planta baja), Oficina y Salón de Actos (1ª Plta) y Museo de San Marcos (2ª Plta).
La Hermandad de San Marcos está fuertemente implicada en la defensa de los festejos taurinos mediante su participación en actos reivindicativos, actos y eventos promocionales, y en las siguientes asociaciones: Real Federación de Peñas Taurinas de España (Premio Cossío como Peña Revelación 1996 y Medalla al Mérito Taurino 2013), Federación Taurina de Jaén, Unión de Federaciones Taurinas de España (II Premio Nacional a las Tradiciones Taurinas 2018), Asociación Internacional de Municipios y Entidades Organizadoras de Festejos Taurinos Populares y Federación Española del Toro de Cuerda , en la que ha desempeñando una intensa actividad ( miembro de la Junta Directiva desde su fundación en 2007 hasta 2014, organización del VI Congreso en 2009, participación en distintos congresos nacionales con y sin exhibición de toros).
